Biskupice bývaly manským statkem olomouckého bispupství, zřejmě odtud dostala obec jméno Biskupice (tj. lidé biskupovi).
Před r. 1516 získali Biskupice rytíři Vlachovští, po Zikmundovi (1542, 1553) je drželi bratři Jan, Jindřich a Jiřík Vlachovští. V r. 1561 Jan Vlachovský postoupil své spoluvlastnictví ostatním bratrům; ti pak vlastnili Biskupice r. 1568 odděleně. Jiřík Vlachovský se na Biskupicích připomíná r. 1594 a Jindřich Vlachovský r. 1600. Po Jindřichově smrti připadly tři čtvrtiny léna biskupovi Františku z Ditrichštejna, který je r. 1603 prodal Vítu Feldendorferovi z Borotína. Po jeho smrti zdědil jeho díl Biskupic Jan Viktorín Feldendorfer. Kolem r. 1630 držel tento díl Karel Ferdinad Sak z Bohuňovic a od něho jej r. 1680 získal Zikmund Ferdinand Sak. V letech 1683-1685 patřil uvedený díl Biskupic krátce Janu Adamovi z Minkvicburku, jenž ho r. 1685 prodal Janu Ignáci z Lindenberku. Ten koupil r. 1685 ještě čtvrtinu Biskupic od Jiřího Dětřicha Petřvaldského z Petřvaldu a tím byly Biskupice opět sloučeny pod jedním pánem.
Menší díl Biskupic r. 1619 vlastnili evangelíci Václav a Jaroslav Vlachovští z Vlachovic. Jaroslavu z Vlachovic byl malý statek po Bílé hoře konfiskován. Tato čtvrtina vsi patřila pak r. 1654 Janovi Kokorskému z Kokor. Ten o ní ale pro felonni přišel a dílek Biskupic získal lénem Antonín GĹ‘rz z Asteinu a po něm již zmiňovaný Jiřík Dětřich. V r. 1685 se tato čtvrtina vsi sloučila s větší částí Biskupic, když se stala majetkem Jana Ignáce z Lindenberku.
Po jeho smrti přešly Biskupice opět na olomouckého biskupa, který je r. 1698 udělil lénem Dominiku Ondřejovi z Kounic a od té doby sdílelo toto biskupské léno stejné osudy s uherskobrodským panstvím. V r. 1902 koupila biskupický statek od Kouniců obec Biskupice.
Po zrušení panství a zavedení státní správy patřili Biskupice v letech 1850-1960 k okresu Uherský Brod (do r. 1949 soudní i politický okres); od r. 1960 jsou součástí zlínského okresu.
Po dobu nacistické okupace se v Biskupicích neusadili žádní Němci. Teprve v Únoru 1945 obsadila školu německá mládež, která tu budovala silniční překážky. V dubnu ji vystřídala německá posádka. V dubnu 1945 bylo v Biskupicích nacisty vypáleno jedno obytné stavení, ve kterém se předtím ukrýval partyzán. R. 1927 zřídil v Biskupicích uherskobrodský stavitel Otto Málek kruhovou cihelnu. Téhož roku přikoupil objekty bývalého hospodářského dvora s přilehlou zahradou a zahájil tam výstavbu cihelny. Provoz byl zahájen roku 1928. R. 1930 změnila cihelna dvakrát majitele. Nakrátko ji koupil J. Kolář, majitel pálenice v Uherském Brodě, který ji brzy prodal Hynku Oksnerovi, do té doby správci Baťovy cihelny ve Zlíně. V r. 1948 byla cihelna znárodněna.
